F1-ben
2001-ben, habár szerződése szerint továbbra is a Williams csapathoz tartozott, a Benetton (amit akkor vett meg a Renault) autóját vezette a két csapat megegyezésének köszönhetően. Nem volt túl sikeres év Jenson-nak, az autót folyamatosan fejleszették, ami nem volt elég gyors és nem volt elég ideje sem megszokni. Minazonáltal A Német Nagydíjon összehozott egy 5. helyet, de az év végi összesítésben csak a csalódást keltő 17. helyen végzett.
2002-ben a Benetton felvette a Renault F1 nevet. Habár csapattársa Jarno Trulli rendszeresen jobb volt az időmérőkön, Jenson a versenyeken rendre gyorsabb volt. AMaláj Nagydíjon hajszállal maradt le élete első dobogót érő helyéről, a Renault felfüggesztésének meghibásodása miatt Michael Schumacher az utolsó körben megelőzte, így csak negyedik lett. Miután Brazíliában is negyedik lett, év végén a hetedik helyen zárta a szezont.
A 2003-as idényre Flavio Briatore csapatfőnök lecserélte Jenson-t az addigi tesztpilótára, Fernando Alonsora. A kétkedőknek és az elégedetlenkedőknek Briatore azt válaszolta "Az idő majd eldönti, hogy tévedtem-e..." (Mint az köztudott, 2005-ben Alonso világbajnok lett Renault-val).
A csapat nélkül maradt Button így a BAR-hoz csatlakozott, ahol Jacques Villeneuve csapattársa lett. A két versenyző viszonya nem volt felhőtlen, már a szezon kezdetén (az Ausztrál Nagydíjat követően) szócsatákat vívtak egymással, nyilvánvaló volt, hogy Button megkérdőjelezte a kanadai elsőségét a csapaton belül. A szezon azonban haladt, a kezdeti sérelmek lassan elmúltak és Button rendre jobb eredményeket ért el, mint az önmaga árnyékaként teljesítő egykori világbajnok csapattársa. Legjobb eredménye egy negyedik hely volt Ausztriában. A monacoi futam pénteki edzésnapján azonban összetörte magát és az autót, aminek következtében kénytelen volt kihagyni a hétvégi versenyt és az azt követő monzai tesztelési időszakot is. Az Amerikai Nagydíjon, életében először egy ideig vezetett a versenyben. Az év végén kilencedik lett 17 ponttal, Villeneuve csak 6 pontot szerzett.
2004-ben a BAR a Honda fejlesztéseinek köszönhetően hatalmasat ugrott előre a mezőnyben, már csak az évek óta legyőzhetetlennek tűnő Ferrari és Schumacher állt előttük. Ausztráliában még csak hatodik volt, de a Maláj Nagydíjon - életében először - felállhatott a dobogóra, harmadik lett. Az eredményt sikerült megismételnie az először megrendezett Bahrein-i GP-n is. Áprilisban saját karrierje és a BAR története során először megszerezte a pole pozíciót, a San Marino-i Nagydíjon, ahol végül második lett. Végül 85 ponttal a harmadik helyen zárta az évet, igazolva hogy az eséllyel pályázik a jövő világbajnoki címeinek valamelyikére.
A 2005-ös év azonban nem indult jól, a San Marino-i GP után a csapatot három versenyből kizárták, mivel bebizonyosodott, hogy manipulálni tudták az autó súlyát úgy, hogy az a verseny közben könnyebb legyen a minimálisan előírtnál. Button azonban nem adta fel, visszatérésük után Montrealban megszerezte második pole pozícióját. Magán a versenyen nem ment ilyen jól, a 46. körben összetörte az autót, így a harmadik helyről kiesett. Az év második feléig kellett várnia, hogy megszerezze első VB-pontjait, onnan azonban egyre jobban ment a csapatnak. Magny-Coursban a negyedik lett, hazai pályán, Silverstone-ban a második kockáról indulhatott, de nem ment neki, végül csak 5. lett. Hockenheimben hagyományosan jól szokot szerepelni, ez az év sem volt kivétel, a második rajtkockáról rajtolva harmadik lett, a szezonban először állhatott dobogóra.
2004. augusztus 5-én Button bejelentette, hogy két éves szerződést írt alá és 2005-től visszatér első csapatához a Williams-hez. A BAR-ral kötött szerződésében ugyanis volt egy kiskapu, miszerint elhagyhatja a csapatot, ha a Honda elkötelezettsége kétségessé válik. Button szerint voltak erre utaló jelek, David Richards BAR-főnök azonban nem szívesen engedte volna el legjobb pilótáját. Frank Williams szerint az átigazolás teljesen legális volt. Az FIA illetékes bizottsága végül a Richards-nak adott igazat, kötelezve Buttont szerződése teljesítésére, miszerint 2005 végéig a BAR-ral kell versenyeznie.
2005-ben ismét zavaros helyzetbe került, amikor kiderült, hogy a BMW megvette a Sauber csapatot, így a 2006-os szezontól nem szállít motorokat addig partnerének, a Williams-nek. Button ezért szeretett volna kibújni új szerződése alól és úgy nyilatkozott, hogy mégis szeretne inkább a BAR-Hondával maradni. Az ügy végülis úgy oldódott meg, hogy (állítólag 30 millió dollárért) a BAR "visszavásárolta" Buttont a Williamstől, így a 2006-os idényben Jenson Button ismét a BAR-Honda csapatában versenyzett Rubens Barichello mellett.
Az idény sok hullám völgyet tartogatott mind Jenson minf Barichello mind a Honda számára. ennek ellenére Jenson idén háromszor is felállhatott a dobogóra: Malajziában és Braziliábana harmadik lett, 2006.08.06-án , a Magyar Nagydíjon megnyerte élete első futamát. A Honda sokat küszködött, legtöbbször a motor volt a hiba, így Jenson hiába futott jó időket az időmérőn, nem tudta kihazsnálni a jó indulási helyet.
A világbajnoki összesítésben a hatodik lett míg a csapat a 4. helyezést érte el.
